用Meta Hi-C直接确定环境样本中噬菌体的宿主(无需培养)
用Meta Hi-C直接确定环境样本中噬菌体的宿主(无需培养)
在微生态系统中,噬菌体通过感染和水平基因转移塑造宿主的进化和种群动态,从而对它们发生的自然和人造生态系统产生至关重要的影响。
随着病毒组与宏基因组技术的发展与应用,越来越多的噬菌体被预测出来,组装噬菌体基因组(contigs)的信息爆炸式增长,然而通过高通量测序获得的噬菌体通过生物信息预测很难获得准确的宿主信息,同时受限于培养条件,很难在实验室进行大规模培养确定噬菌体宿主。大量噬菌体序列的产生,然而缺乏准确的宿主信息,这给我们对噬菌体与细菌关系的研究留下了巨大空白。
基因帮Meta Hi-C产品与服务为噬菌体宿主的确定提供了实验培养之外的另一种方法,基于基因帮开发的Meta Hi-C产品采用Hi-C技术来固定同一细胞内序列之间的物理相互作用,结合生物信息学的方法以实现噬菌体和细菌宿主的关联,并在此过程中组装更多,更高质量的细菌和噬菌体基因组。