数据质控
去除低质量及接头序列
游离DNA(Circulating free DNA or Cell free DNA,cfDNA)是指凋亡或坏死细胞释放到循环血液中的降解DNA片段,因为染色质被酶解后形成的DNA片段半衰期非常短(通常半小时以内),而其中核小体固定的DNA片段半衰期相对较长,因此检测到的cfDNA主要是以核小体形式存在,其片段分布主要集中于170bp左右。分离得到的cfDNA除了可以检测到凋亡坏死细胞释放到血液中的DNA,近年来也用于外源性DNA与RNA的检测,如真菌血症、细菌血症和病毒血症等病理情形下的血中外源核酸。
cfDNA测序分析 是指将血液中游离的DNA分离提取出来,构建小片段文库,利用二代测序的方法进行测序,然后用生物信息学工具进行分析,从而基于cfDNA的信息开展疾病的诊断、预后、监测等方面的研究。
数据质控
去除低质量及接头序列
参考基因组同源性比较
cfDNA片段分布统计
cfDNA丰度分析
cfDNA来源分析
cfDNA组间差异分析
cfDNA突变分析
根据研究需要定制分析内容
如果采用EDTA抗凝管采血,请按以下步骤分离血浆,并提供2ml以上血浆样品:
(1) 用EDTA抗凝管采集5-10 ml血液,充分混匀,室温静置5min左右放4℃冰箱保存,尽量在2h内完成血浆分离;
(2) 将采血管置于4℃冷冻离心机中,1600g离心10min;
(3) 小心吸取上清至1.5ml 或2mlEP管中,避免吸入血细胞,置于4℃冷冻离心机中16,000g离心10min;
(4) 小心吸取上清至冻存管,-80℃保存。
如果不具备及时进行低温离心处理的条件,则需采用cfDNA专用采血管保存全血及运输,详细操作步骤及注意事项请参考所购买的cfDNA专用采血管操作说明。