数据质控
去除低质量及接头序列
去除宿主及杂质序列
微生物包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的生物群体,它们个体微小,与人类关系密切。微生物基因组是微生物遗传信息的主要载体,也是研究微生物最重要的信息之一。随着二代测序技术的普及,更多的微生物基因组信息被人类不断解码,从而打开了研究微生物的分子之门。
病毒基因组测序分析(Virus WGS) 是指针对分离纯化后的单一病毒提取基因组,并根据病毒基因组的核酸类型(DNA或RNA)和单双链特点,采用不同的建库方案构建小片段文库,进行高通量测序,然后利用生物信息学方法进行组装、基因预测和功能注释,从而获得单病毒的全基因组序列图谱,对于多株病毒后续可进行多态性或者进化方面的分析。
数据质控
去除低质量及接头序列
去除宿主及杂质序列
多软件组装及评估
组装结果优化及补洞
ORF预测及基因注释
毒力基因分析
基因组圈图绘制
进化分析(系统发育树)
与近缘病毒的比较基因组分析
根据研究需要定制分析内容
核酸样本:无其它基因组污染,并且明确核酸类型: ssRNA、dsRNA、ssDNA、dsDNA。浓度要求:5 ng/μl,20 μl以上。
病毒样本:病毒滴度不低于109>/ml,样本量不低于1 ml。