微生物基因组

微生物包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的生物群体,它们个体微小,与人类关系密切。微生物基因组是微生物遗传信息的主要载体,也是研究微生物最重要的信息之一。随着二代测序技术的普及,更多的微生物基因组信息被人类不断解码,从而打开了研究微生物的分子之门。

病毒基因组测序分析
噬菌体基因组测序分析
细菌基因组测序分析
产品介绍
应用方向
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病毒基因组测序分析(Virus WGS) 是指针对分离纯化后的单一病毒提取基因组,并根据病毒基因组的核酸类型(DNA或RNA)和单双链特点,采用不同的建库方案构建小片段文库,进行高通量测序,然后利用生物信息学方法进行组装、基因预测和功能注释,从而获得单病毒的全基因组序列图谱,对于多株病毒后续可进行多态性或者进化方面的分析。

技术流程

双链DNA病毒
样本处理
病毒DNA提取
双链文库构建
高通量测序
生物信息分析
单链DNA病毒
样本处理
病毒DNA提取
单链文库构建
高通量测序
生物信息分析
单/双链RNA病毒
样本处理
病毒RNA提取
RNA反转合成cDNA
文库构建
高通量测序
生物信息分析

分析流程

基础数据处理

数据质控

去除低质量及接头序列

去除宿主及杂质序列

基因组组装

多软件组装及评估

组装结果优化及补洞

功能注释

ORF预测及基因注释

毒力基因分析

高级分析

基因组圈图绘制

进化分析(系统发育树)

与近缘病毒的比较基因组分析

定制化分析

根据研究需要定制分析内容

交付标准

数据

1G raw data

分析

提供标准分析高级分析定制化分析

周期

测序版:20个工作日

标准版:40个工作日

样品要求

核酸样本:无其它基因组污染,并且明确核酸类型: ssRNA、dsRNA、ssDNA、dsDNA。浓度要求:5 ng/μl,20 μl以上。

病毒样本:病毒滴度不低于109>/ml,样本量不低于1 ml。