数据质控
去除低质量及接头序列
去除宿主及污染序列
病毒组(virome)又称为宏病毒组或者病毒宏基因组,指栖居于特定生物体或特定环境中所有病毒的基因组。病毒分布于水体、冰川、土壤、动植物、微生物甚至某些病毒当中,按核酸类型可以分为DNA病毒和RNA病毒,按宿主可分为真核病毒和原核病毒。病毒在维持环境内稳态、生态系统平衡等方面起着非常重要的作用,并且与人类的健康等密切相关。
DNA病毒组测序分析 是指通过实验技术手段对各类型样本(如粪便、唾液、动物组织、植物叶片、土壤和水体等)中的病毒颗粒进行富集,然后提取病毒基因组DNA进行高通量建库及测序,通过生物信息分析确定样本中各类型病毒的序列、丰度等信息,进而深入分析样本中病毒的多样性、致病性、鉴定新的DNA病毒以及发现与某些性状、功能或者疾病等相关的病毒等等。
DNA病毒以脱氧核糖核酸(DNA)为遗传物质,广泛存在于人、脊椎动物、昆虫体内以及多种传代细胞系中,分为单链DNA病毒、双链DNA病毒。噬菌体是一类以细菌为宿主的病毒,在自然界中种类极其丰富,大部分噬菌体均为DNA病毒。
常见的DNA病毒有:噬菌体、乙肝病毒HBV、疱疹病毒等。
数据质控
去除低质量及接头序列
去除宿主及污染序列
单样本序列组装
多样本序列聚类
基于reads的病毒鉴定
(Kraken2分析)
基于contigs的病毒鉴定及注释
病毒定量及丰度统计
不同分类水平的病毒组成
α,β多样性
(样本需分组,每组>10个样本)
特有及共有病毒
LefSe差异分析
(需分组,每组>10个样本)
MaAslin2差异分析
(需分组,每组>30个样本)
DESeq2差异分析
(需分组,每组>10个样本)
疾病建模/marker筛选
(项目样本数目>100个)
噬菌体-宿主预测
(需对应宏基因组测序数据)
噬菌体-宿主相关性
噬菌体-宿主互作网络
病毒显著差异功能的筛选
(需分组,每组>10个样本)
根据研究需要定制分析内容